Ένα ιδιαίτερο αξιοθέατο, το βρεφικό νεκροταφείο, βρίσκεται στην περιοχή «Κυλίνδρα» µε θέα τον κόλπο του Λιβαδιού. Τόσο από αρχαιολογικής όσο και από ανθρωπολογικής άποψης πρόκειται για μοναδικό εύρηµα και χρονολογείται στην Γεωµετρική περίοδο.
Μοναδικό στον κόσμο το νεκροταφείο βρεφών με ταφές σε πήλινα αγγεία, αποκαλύφθηκε στην Αστυπάλαια. Η ανασκαφή έφερε στο φως πάνω από 2.500 χιλιάδες ταφές βρεφών, κυρίως νεογέννητων μωρών, τα οποία είχαν εναποτεθεί μέσα σε πήλινα αγγεία, σύμφωνα με έναν τρόπο ταφής που ονομάζεται εγχυτρισμός. Η ταφή μέσα σε πήλινα αγγεία αρχικά χύτρες, αλλά και υδρίες, πίθους, αμφορείς ή και άλλα σχήματα αγγείων, ήταν ο πιο συνηθισμένος τρόπος ταφής στην αρχαία εποχή για μωρά, συμβολίζοντας πιθανόν τη μήτρα της μητέρας τους. Η ταφή του βρέφους γινόταν συνήθως από οπή που ανοιγόταν στην κοιλιά του αγγείου, η οποία στη συνέχεια καλυπτόταν με το ίδιο τεμάχιο που είχε αποκοπεί ή ακόμη και με κάποια πέτρα.
Οι επιστήμονες πιθανολογούν ότι στην περιοχή υπήρχε ιερό της γεωμετρικής εποχής, όπου έρχονταν πιστοί για να εναποθέσουν το χαμένο μωρό τους ή ακόμη και τα έμβρυα από τις αμβλώσεις. Στη συνέχεια ωστόσο το αρχικό ιερό της γεωμετρικής περιόδου με τα χρόνια εξελίχθηκε σε πανελλήνιο ιερό, όπου πιστοί προσέρχονταν να προσφέρουν το χαμένο μωρό τους, χωρίς κτερίσματα, το ίδιο ως αφιέρωμα.