Βρίσκεται στη θέση Μεσσαριά, 2,5 χλμ. ΝΑ του Μεγάλου Χωριού. Με διάμετρο 21 μ., μέγιστο ύψος 4,5 μ. και επιφάνεια 200 τ.μ. χωρίζεται από έναν σταλαγμίτη σε δυο άνισους μεταξύ τους θαλάμους. Παρότι δεν παρουσιάζει αξιόλογο φυσικό διάκοσμο, επιστημονικά θεωρείται πάρα πολύ σημαντικό. Παλαιοντολογικές ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν εδώ τη δεκαετία του 1970 έφεραν στο φως πολυάριθμα οστά νάνων ελεφάντων και άλλων ζώων (ελάφια, χελώνες, τρωκτικά), καθώς και λίθινα εργαλεία της νεολιθικής περιόδου (8.000 π.Χ.). Το σπήλαιο του Χαρδακιού κρύβει κι άλλα μυστικά καθώς σε βαθύτερα στρώματά του έχει εντοπιστεί ηφαιστειακό υλικό και τουλάχιστον δυο ζώνες με φωσφορικές ενώσεις που παραπέμπουν σε απολιθωμένα οστά.
