Η Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων χτίστηκε στις αρχές του 17ου αιώνα από τους αδερφούς Ιερεμία και Λαυρέντιο, από τη βενετοκρητική οικογένεια των Τζαγκαρόλων στη θέση μικρότερης, ιδιοκτησίας του ιερομονάχου Ιωακείμ Σοφιανού. Η Μονή ανατέθηκε το 1611 στον Ιερεμία, ο οποίος άρχισε αμέσως τις οικοδομικές εργασίες. Μετά το θάνατό του το 1634 περίπου, το έργο συνεχίστηκε από το Λαυρέντιο και δεν είχε ολοκληρωθεί κατά την κατάληψη των Χανιών από τους τούρκους το 1645. Η Μονή συνέχισε να ακμάζει στα χρόνια της τουρκοκρατίας, αν και με προβλήματα. Κατά το 1821 κάηκε από τους τούρκους και χάθηκαν πολλά από τα κειμήλιά της. Σήμερα η Μονή,αν και έχει μικρό αριθμό μοναχών, είναι και πάλι σε ακμή με ιδιαίτερη επίδοση στις βιοκαλλιέργειες.
Παρά τις μεταγενέστερες προσθήκες η Μονή διατηρεί αρκετά την αρχική της μορφή,που συνδέεται με την επικράτηση του Μανιερισμού στην Κρήτη από τα μέσα του 16ου αιώνα, αλλά και με την παιδεία των κτιτόρων, όπως φαίνεται και από τις δίγλωσσες επιγραφές. Είναι ένα μεγάλο ορθογώνιο συγκρότημα, που αξιοποιεί το επικλινές έδαφος, με μια λύση που συναντάται στο έργο του γνωστού αρχιτέκτονα Sebastiano Serlio και το μετατρέπει σε μια τεχνητή επίπεδη αυλή, κάτω από την οποία υπάρχει μεγάλη δεξαμενή, και οι κύριες αγροτικές εγκαταστάσεις. Έτσι τα ισόγεια εξωτερικά είναι υπόγεια από την πλευρά της αυλής, με την οποία επικοινωνούν με κλίμακες. Στα σχέδια του ίδιου αρχιτέκτονα αναγνωρίζεται και το πρότυπο της μεγαλοπρεπούς κεντρικής πύλης, ενώ άλλες επιμέρους επιδράσεις του εντοπίζονται και σε άλλα σημεία.
Στο κέντρο της αυλής υπάρχει το μεγάλο Καθολικό, στον αρχιτεκτονικό τύπο του τρίκογχου με τρούλο, πρόθεση, διακονικό, νάρθηκα και ανά δυο παρεκκλήσια στο ισόγειο και στο δώμα του νάρθηκα. Ακολουθεί τον προσφιλή στο Άγιον ΄Ορος τύπο, από όπου κατά την παράδοση το αντέγραψε ο Ιερεμίας. Ως προς τα επιμέρους στοιχεία ωστόσο, πρόκειται για ένα από τα τυπιικότερα έργα της Κρητικής Αναγέννησης, που αποτέλεσε το πρότυπο για μια σειρά μοναστηριακών ναών της περιοχής των Χανίων. Οι τρούλοι δεν είχαν κτιστεί ακόμα, όταν η περιοχή των Χανίων έπεσε στα χέρια των Τούρκων το 1645 και ολοκληρώθηκαν μαζί με τα παρεκλήσια στον όροφο το 1836. Το ξυλόγλυπτο, επίχρυσο τέμπλο κατασκευάστηκε το 1836 και το μεγαλύτερο μέρος των εικόνων του είναι έργα του ικανού ζωγράφου Μερκουρίου από τη Σαντορίνη περί το 1840. Τα τέμπλα στο νότιο παρεκκλήσιο και στο ναϊσκο του Σωτήρα χρονολογούνται από το 17ο αιώνα. Ενδιαφέρον παρουσιάζει το ισόγειο, θολωτό οστεοφυλάκιο με τον κομψό κοιμητηριακό ναίσκο του Σωτήρα στον όροφο, η τράπεζα, το αρχικό ηγουμενείο, καθώς και οι υπόγειοι θολωτοί χώροι του ελαιοτριβείου, της κρήνης, της μεγάλη δεξαμενής και της οιναποθήκης. Την ανατολική πτέρυγα καταλαμβάνει το μεγάλο κτήριο της πρώην Εκκλησιαστικής Σχολής, που λειτουργούσε εδώ από τα τέλη του 19ου αιώνα. Στη βόρεια πλευρά της Μονής υπάρχει το νεώτερο, θολωτό ελαιοτριβείο του 18ου αιώνα και μια σεορά από κτίσματα για το βοηθητικό προσωπικό.
Αν και το μεγαλύτερο μέρος των κειμηλίων χάθηκε στις διάφορε ιστορικές περιστάσεις, στο μικρό μουσείο εκτίθενται εικόνες, μεταξύ των οποίων του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου (16ος αι.), του Αγίου Νικολάου (17ος αι.), του ένθρονου Παντοκράτορα, της Ζωοδόχου Πηγής και της Δευτέρας Παρουσίας, έργα του γνωστού Χανιώτη ζωγράφου ιΕμμανουήλ ιερέα Σκορδύλη γύρω. Επίσης φυλάσσονται χρυσοκέντητα άμφια, χειρόγραφο λειτουργικό ειλητάριο του 12ου αιώνα, νεώτερα χειρόγραφα, βιβλία και έγγραφα, σταυροί και άλλα εκκλησιαστικά κειμήλια.
